FlashFXP - очень хороший FTP-клиент, поддерживающий любые типы соединения, умеющий работать через файрволл и поддерживающий протоколы защищенных соединений SSL/TSL. Программа может импортировать списки сайтов из многих популярных FTP-клиентов. Есть удобная функция - список отложенных заданий, которая позволит возобновить неоконченную загрузку в любое время.