Действие игры S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти разворачивается после событий, изложенных в игре «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля». После того, как проход к центру Зоны оказался открыт, правительство решает провести мощную крупномасштабную военную операцию, под кодовым названием «Фарватер». Целью этой операции является взятие ЧАЭС под контроль военных. Первая группа военных направлена для составления детальных планов расположения аномальных полей и воздушной разведки территории. Это должно было позволить впоследствии продвигаться по безопасным маршрутам основным группам военных.