Игра начинается с того, что Сэм Фишер уходит из Третьего Эшелона, несмотря на угрозы со стороны своего начальства. И во время расследования смерти своей дочери, Сары Фишер, Сэм узнает, что смерть его дочери была не случайной и теперь он вместе с Виктором Косте, бывшим «морским котиком» и давним своим другом, будут вести охоту на Андрея Кобина, торговца оружием, который по предположениям Сэма, убил его дочь
