Разрабатывался как программа, которая является заменой Windows Explorer. Удобное двухпанельное расположение облегчает манипуляции с файлами и папками, а дополнительные возможности позволяют выполнять серию коротких операций. Master Commander рассчитан на то большинство пользователей, которые используют файловый менеджер для простых обыденных операций. Программа легкая, быстрая, легко настраиваемая под пользователя. Имеет встроенную поддержку для архивов: ZIP, TAR, GZIP, TGZ, BZIP2, RAR (интегрированный просмотр, сжатие с внешним WinRAR), 7zip (компрессия и декомпрессия с внешним 7-Zip), со свободным просмотром и копированием указанных файлов. Позволяет шифровать и дешифровать файлы, используя алгоритм BASE64, DES, TripleDES, AES (128 и 256 бит).